تتمثل المهمة الرئيسية لمكتب الإدارة الأكاديمية وشؤون الطلاب والتعاون في دعم وظائف الإدارة الأكاديمية والخدمات الطلابية وبناء تعاون استراتيجي مع مختلف الأطراف، سواء على المستوى الوطني أو الدولي. بالإضافة إلى ذلك، يؤدي هذا المكتب دورًا مهمًا في ضمان استمرارية العمليات الأكاديمية، وتحسين جودة الخدمات المقدمة للطلاب، وتوسيع شبكات التعاون لدعم رؤية جامعة إندونيسيا بجاكرتا كجامعة عالمية المستوى. مع تحسين الوظائف وتحسين جودة الخدمات، من المتوقع أن يوفر المكتب فوائد واسعة النطاق للمجتمع الأكاديمي بأكمله في جامعة عين جاكرتا.